Der Bezirk Mödling wurde 1938 dem Reichsgau Groß-Wien einverleibt. Insgesamt verloren 97 Randgemeinden ihre Eigenständigkeit. Die FF Maria Enzersdorf wurde, wie alle anderen Wehren der Randgemeinden, der Berufsfeuerwehr Wien, ab Oktober 1939 der Feuerschutzpolizei unterstellt. Da im Laufe des Krieges immer mehr Feuerwehrmänner zur Deutschen Wehrmacht einberufen wurden, übernahmen ältere Mitglieder teils freiwillig, teils notdienstverpflichtet, den lokalen Feuerschutz. Der Mitgliederstand in Maria Enzersdorf wuchs zwar auf 54 Mann an,
jedoch waren 22 davon im Militärdienst. Fünf Männer der Wehr fielen im Krieg, zwei kehrten kriegsversehrt zurück. Trotz Eingemeindung war die FF Maria Enzersdorf bis 1945 gut ausgerüstet. In den letzten Kriegstagen wurden fast alle Geräte entweder nach Westen, Richtung Oberösterreich, abgezogen oder verschleppt. Dem energischen Auftreten von Henriette Auerbach gegenüber den jeweiligen Machthabern ist es zu verdanken, dass wenigstens einige Geräte erhalten blieben. Um die spärlich vorhandenen Löschgeräte zum Brandplatz zu bringen, musste auf Karren zurückgegriffen werden. Obwohl die Feuerwehren der Randgemeinden durch ihre Zugehörigkeit zu Wien in ihrer Entwicklung besonders stark gehemmt waren, wurde in Maria Enzersdorf schon in den ersten Nachkriegsjahren unter Kommandant Hans Stadtherr mit dem erfolgreichen Wiederaufbau begonnen.
